L'année est T.C. 4767. Quatre mille ans se sont écoulés depuis que l'humanité a abandonné sa terre natale. En proie à la gnose ennemie, l'humanité se bat maintenant pour trouver des moyens de vaincre cette menace à leur existence. Le développement de KOS-MOS (un androïde spécialisé avec des capacités étonnantes) par l'ingénieur Vector Shion Uzuki a été une réponse à la menace. Mais quand leur navire est détruit par la Gnose, Shion et ses compagnons se retrouvent poussés au milieu d'une bataille sans bords clairs...