Se déroulant après les événements du quatrième film, la série se concentre sur Keisuke Amano, 11 ans, le frère cadet de Natsume (qui sont tous deux les enfants de Keita Amano et Fumika Kodama de l'anime original Youkai Watch) qui ne croit à aucun phénomène surnaturel autour de lui. Mais comme il remarque que sa sœur rentre souvent tard à la maison, il décide de la traquer, pour découvrir qu'elle fait ses devoirs en exorcisant le mal Youkai aux côtés de ses amis Touma et Akinori, et dirige une agence de détectives Yo-Kai. Leur secret lui ayant été révélé, Natsume a décidé de le laisser participer à ses activités alors qu'ils enquêtaient sur les crimes de Youkai et affrontaient le mal Youkai pour maintenir la paix dans toute la ville. (Source: Wiki)