Yumekui Merry commence avec Yumeji Fujiwara, un lycéen apparemment moyen. Mais il y a dix ans, Yumeji a acquis la capacité de voir les auras de rêve des autres personnes autour de lui. Cette capacité permet à Yumeji de prédire quel type de rêves les gens sont susceptibles d'avoir ensuite. Les rêves des autres ne sont peut-être pas un mystère pour Yumeji, mais ses propres rêves l'ont récemment laissé perplexe. Dans rêve après rêve, Yumeji a été poursuivi par une armée de chats dirigée par John Doe, qui prétend avoir besoin du corps de Yumeji pour entrer dans le monde réel. Ces événements étranges deviennent plus étranges lorsque Yumeji rencontre Nightmare Merry, un démon de rêve cherchant à retourner dans son propre monde. Utilisant ses pouvoirs, Yumeji décide d'aider Merry à rentrer chez lui. Mais la présence même de Merry dans le monde réel signifie que la barrière séparant les rêves et la réalité a été brisée et que tous les démons des rêves n'ont pas l'intention de venir sur Terre pacifiquement...