Après un an à l'école primaire sans ses amis d'enfance, Akari Akaza, élève de première année, retrouve enfin Yui Funami et Kyouko Toshinou, en deuxième année, dans leur collège réservé aux filles. Au cours de la première année du duo, Yui et Kyouko ont formé le "Amusement Club" qui occupe la salle du Tea Club, désormais inexistante. Peu de temps après l'arrivée d'Akari, une de ses camarades de classe, Chinatsu Yoshikawa, rend visite au trio sous l'impression qu'ils sont le Club de Thé; ce n'est qu'une fois que les trois filles expliquent que le Club de Thé a été dissous qu'elles peuvent convaincre Chinatsu de rejoindre le Club d'Amusement—un groupe sans autre but que de divertir ses membres. Basé sur le manga slice-of-life de Namori, Yuru Yuri est une comédie excentrique sur un groupe de filles qui passent leur temps libre à boire du thé et à se moquer les unes des autres, tout en omettant même de remarquer le supposé personnage principal Akari parmi elles.