Après avoir accompli leur destin lors des événements de Yuuki Yuuna wa Yuusha de Aru, le Club des héros du collège Sanshu—composé de Yuuna Yuuki, Karin Miyoshi et des frères et sœurs Fuu et Itsuki Inubouzaki—bat son plein, aidant les personnes dans le besoin partout où elles le peuvent. Ils ont également gagné un nouveau membre, un héros du passé nommé Sonoko Nogi. Mais finalement, ils remarquent que quelqu'un qui devrait être parmi eux, Mimori Tougou, a disparu; toute trace de son existence a complètement disparu, à l'exception des souvenirs des filles. Sans aucune piste sur les allées et venues de Tougou, les filles retrouvent la capacité de se transformer et commencent la recherche désespérée de leur ami perdu. Mais ce qu'ils trouvent est plus choquant que n'importe lequel d'entre eux n'aurait jamais pu l'imaginer, et les conséquences de leurs actions commencent à changer la vie telle qu'ils la connaissent.