Obsédé par la vengeance contre le Roi des Jeux, Seto Kaiba entreprend une fouille en Égypte pour trouver les fragments du Puzzle du Millénaire, qui conservait autrefois l'esprit du "pendant Yuugi."Cependant, un homme masqué vole deux pièces du Puzzle et disparaît avant qu'il ne puisse être reconstruit. Pendant ce temps, maintenant en dernière année de lycée, Yuugi Mutou et ses amis planifient leur avenir, ignorant le danger qui les guette à proximité. Yu☆Gi☆Oh! Le côté obscur des Dimensions raconte l'histoire de forces vindicatives déformant la réalité de la manière qui leur plaît. Seto et Yuugi dépasseront-ils leurs différences et sauveront-ils le monde, ou la cupidité de Seto l'emportera-t-elle sur lui?