Situé six mois après les événements de la manga originale Yu-Gi-Oh!, Yugi Muto et ses amis sont dans leur dernière année de lycée et parlent de ce qu'ils feront dans le futur. Entre-temps, Seto Kaiba a commandé une fouille pour récupérer le Puzzle du millénaire démonté des ruines de la chambre du millénaire. L'article avait auparavant abrité l'âme de son rival, Atem, qu'il espère faire revivre afin de régler leur score. La fouille est interrompue par un homme mystérieux, qui fait face à Kaiba dans un jeu de Duel Monsters et vole deux morceaux du Puzzle récupéré. Quel est son arrière motif ? Les enjeux n'ont jamais été plus élevés, les rivalités jamais aussi féroces, les risques jamais si grands.