Après avoir vaincu un ennemi mystérieux, Yuuma Tsukumo, avec l'aide de Kaito Tenjou et de Ryouga "Shark" Kamishiro, a contrecarré les plans des Barians. Cependant, Yuuma est toujours en quête de récupérer les Cartes Numériques pour restaurer les souvenirs d'Astral. Les Sept Empereurs Bariens prennent vent des efforts de Yuuma et Astral et commencent à collecter eux-mêmes les cartes pour atteindre leur objectif ultime: détruire le monde d'Astral en échange de sauver le leur. Bien que seulement cinq des empereurs soient présents, ils décident à l'unanimité d'anéantir Astral et Yuuma une fois pour toutes. Ailleurs, avec leurs nouveaux pouvoirs de ZEXAL, Astral et Yuuma travaillent pour éliminer la force ennemie qui menace la Terre et le reste de l'univers. Yu☆Gi☆Oh! Zexal Second dévoile les mystères et les mauvaises surprises qui se cachent dans le sillage des adversités de Yuuma. Alors qu'Astral lutte pour accepter son passé et les conséquences qu'il a pu avoir, les dieux continueront-ils à déverser leur fortune sur Yuuma dans une autre aventure périlleuse?