Il est présenté dans un univers alternatif où Shobu avait perdu son duel contre Hakuoh dans leur duel dans l'épisode de la saison 1 "Just Duel It". Une organisation mystérieuse s'intéresse à la capacité du duelliste naissant Shobu Kirifuda à donner vie aux créatures du Maître du Duel. Avec le soutien de ses amis, Shobu se bat avec passion, discipline et cœur alors qu'il s'efforce d'être comme son père et de devenir le prochain maître Kaijudo. (Source: Wikia des Maîtres du Duel)