Les catastrophes naturelles ont dévasté la planète Zi, tuant presque toute la vie. Un millier d'années plus tard, les humains ont progressivement rétabli la civilisation, sauvant les anciens zoïdes grâce aux efforts de plongée et d'exploitation minière. Dans un village dont l'objet le plus précédent est une épée géante qu'ils adorent comme symbole saint. Un adolescent découvre un ancien Zoid de type Liger sur une opération de récupération en eau profonde. Soudain, le village est attaqué par des bio-zoïdes squelettiques qui cherchent à voler un puissant générateur situé dans le village. Notre héros adolescent réveille le Liger et découvre que l'épée sacrée de la ville est l'arme du Liger, ensemble ils combattent les mystérieux Bio-Zoïdes. Du moins pour l'instant...