Au 21ème siècle, la planète Terre a été rendue inhospitalière à la vie, et les gens ont migré en masse vers la planète Zi, le foyer naturel de formes de vie métalliques connues sous le nom de Zoïdes. De nombreuses années plus tard, Zi fait face à sa fin. Ses habitants participent au voyage de retour sur Terre. Tentant de régénérer la Terre pour la rendre hospitalière, les migrants proposent un système de "formation de Zi". Cependant, le plan échoue et la Terre est laissée dans son état de tourmente. Envahis par les Zoïdes et blanchis par des phénomènes météorologiques instables, les migrants sont confrontés à une vie difficile. Les colonies de l'Empire et de la République tentent de découvrir des Zoïdes enfouis dans la Terre pour renforcer leurs armées respectives. L'histoire reprend les citoyens terriens de la deuxième génération: Leo Conrad et Buzz Cunningham, qui ont une rencontre fortuite avec une fille Sally Land alors qu'elle fuit les griffes de l'Empire. (Source: Wiki Zoids)