La deuxième saison de Natsume Yuujinchoou. Comme avec son préquel, Zoku Natsume Yuujinchoou parle de Natsume Takashi, un garçon qui a eu la capacité de voir youkai depuis qu'il était jeune, et son garde du corps youkai, Madara, surnommé Nyanko-sensei. Natsume tente de renvoyer des noms écrits dans son Livre des Amis, qu'il a hérité de sa grand-mère Reiko, à youkai dans son village. Tout au long de ces aventures, il rencontre quelques youkai qui sont sympathiques, certains qui veulent voler le Livre des Amis, et certains qui veulent le tuer. Natsume apprend sur lui-même et sa relation avec youkai en chemin.