Cette série présente une histoire originale, qui met en scène les jeunes génies Mei Kamino, une chercheuse, et Yun Arikawa, un ingénieur, alors qu'ils affrontent une menace sans précédent avec leurs compagnons. Lorsque le danger surgit des profondeurs, seuls les jeunes génies Mei, Yun et leur équipe peuvent faire face à la menace dans Godzilla Singular Point !