L'équilibre des mondes est maintenu par les héros. Soudain, un météore rouge tombe sur un de ces mondes, appelé Neo World. Un jeune amnésique nommé Wukong Impulse Gundam apparaît au point où il a atterri. Le chaos qui commence par cet incident se répand dans les autres mondes, l'un après l'autre. Parallèlement, Zhuge Liang Freedom Gundam apprend par l'astrologie d'une catastrophe imminente. Lui et son ami juré Liu Bei Unicorn Gundam prennent des mesures pour sauver les mondes de cette crise, et commencent un voyage avec Wukong.