Entre la chute du Shogunat et la montée de l'ère Meiji, une puissante lumière lumineuse émise par une baguette met fin à la longue période du Shogunat pour éviter d'autres effusions de sang alors que le Japon commence à se diriger vers une nouvelle ère. Au milieu de ces circonstances, un ronin errant à un œil nommé Izou, qui a perdu sa raison de vivre, et Raiden, un orque qui déteste le meurtre et espère laisser une vie de tous les derrière, rencontrent séparément une jeune fille elfe nommée Sonya à la même époque. Ensemble, ils font un voyage le long de la route de Tokaido pour l'amener avec la baguette qu'elle tient en toute sécurité au pays des elfes du nord. Sur leur chemin se trouve la mystérieuse organisation Inferni, qui vise à obtenir la baguette et à raviver le Seigneur des ténèbres, qui a l'intention de gouverner toute la création. Inferni utilise également le nouveau gouvernement Meiji dans sa tentative de voler la baguette à Izou, Raiden et Sonya. Le long de la route de Tokaido de Kyoto à Yokohama, Izou et Raiden commencent leur voyage pour protéger la baguette.