L'histoire suit Suzume, une fille de 17 ans d'une ville tranquille de Kyushu qui rencontre un jeune homme à la recherche d'une porte. Ils trouvent une porte dans les ruines de la montagne, et Suzume l'ouvre. Bientôt, d'autres portes commencent à s'ouvrir autour du Japon, entraînant des catastrophes de l'autre côté. Le film décrit la libération et la croissance de Suzume, alors qu'elle ferme les portes qui causent le désastre.