Vers la fin de l'ère Showa, à la fin des années 1980, dans la ville de Misaki, un vieux manoir est considéré comme la demeure d'une sorcière. Après avoir emménagé dans le manoir, Aoko Aozaki commence à apprendre la sorcellerie auprès d'une jeune mage, Alice Kuonji, la sorcière présumée du manoir. La famille Aozaki supervise le terrain sur lequel Misaki est construit et l'héritière (Aoko) est chargée de le protéger.
De mystérieux intrus ont perturbé le champ délimité de Misaki, ce qui a conduit Alice et Aoko à enquêter. Un mannequin ou une marionnette les attaque et est incinéré. Pendant ce temps, toutes deux aperçoivent quelqu'un qui s'enfuit, un civil qui ne doit pas s'enfuir après avoir vu de la magie en vie.
De façon inattendue, un jeune garçon nommé Soujuurou Shizuki est attiré par le manoir et vient résider avec eux également.