Dans l'histoire des romans, des créatures volantes mystérieuses appelées Zai apparaissent soudainement, et pour combattre les créatures, l'humanité crée des avions de chasse appelés Filles, ainsi que le mécanisme de combat automatique Anima, qui sont en forme de filles humaines. L'histoire se concentre sur un jeune homme nommé Kei Narutani, qui aspire à voler dans le ciel, et une Anima considérée comme le atout de l'humanité, une fille nom Gripen.