Après Colonie 196 - Un an s'est écoulé depuis la fin de la guerre entre la Terre et ses colonies. Heero, Duo, Trowa et Quatre font leurs adieux à leurs Gundams et les jettent au soleil. Relena Darlian est maintenant sous-ministre de la Nation Unifiée de la Sphère de la Terre. Mais alors que les pilotes de Gundam s'ajustent à la paix sur Terre, Renéna est kidnappée et une nouvelle menace apparaît, dirigée par Marimeia Khushrenada - fille du défunt dictateur Treize Khushrenada et héritier de la Fondation Barton. Pour rendre les choses plus compliquées, le pilote Wufei de Gundam Nataku s'est associé à cette faction. Les pilotes de Gundam doivent récupérer leurs combinaisons mobiles et à nouveau s'engager dans la bataille avant que les forces de Marimeia ne réussissent sur leur offre de domination mondiale.