C'est en 2046 qu'une force étrangère mystérieuse commence à anéantir la race humaine. En laissant derrière elle la seule personne qu'elle aime, Mikako rejoint la bataille interstellaire en tant que pilote. Alors que Mikako risque sa vie pour sauver l'humanité, Noboru attend. Dans les premiers jours, puis des mois, puis des années pour chaque nouveau message qui lui fera savoir si Mikako est encore en vie. Et, alors qu'elle grandit à peine dans l'intemporel de l'espace, Noboru vieillit. Les deux amants, les mondes séparés, s'efforcent désespérément de rester connectés alors que l'écart entre eux s'élargit à un rythme effrayant.