3X3 Eyes est l'histoire d'un jeune homme nommé Yakumo Fuuji, qui à travers une étrange série d'événements devient l'esclave immortel du dernier d'une race de 3 Eyed immortels. L'immortel absorbe son âme pour sauver sa vie, le rendant immortel dans le processus. Maintenant, il commence un voyage avec la femme immortelle dans une tentative de trouver un moyen de devenir humain. Bien sûr, il y a beaucoup de complications en cours de route, et ce n'est pas le moindre étant que l'immortelle est une femme avec une personnalité divisée, l'une douloureusement mignonne et l'autre sans aucun pouvoir destructeur, et les romances qui se développent entre.