Lamune raconte l'histoire d'un garçon nommé Kenji et son ami d'enfance Nanami. Bien que, tout le monde semble savoir qu'ils ont une relation, ni sont déterminés à la pousser plus que des amis proches. L'histoire passe par des flashbacks, expliquant pourquoi ils sont des amis si proches et toute action ne semble pas les séparer, mais les rapprocher. Remarque : Les retransmissions ultérieures comprenaient de courtes scènes supplémentaires qui ont été publiées pour la première fois dans les volumes DVD.