Envoyé en prison après avoir été accusé d'avoir tué le créateur Getter Robo Dr. Saotome, Ryoma Nagare doit à nouveau faire équipe avec ses anciens camarades et pilote Getter Robo lorsque Saotome revient d'entre les morts et menace l'humanité en libérant sa plus grande création - le Dragon Shin. Leurs efforts, cependant, sont vains car ils ne parviennent pas à empêcher une ogive nucléaire de frapper Shin Dragon, entraînant une contamination massive de Getter Ray qui efface 99 % de la population de la planète. Treize ans après cette grande catastrophe, l'humanité continue de lutter pour sa survie contre les envahisseurs. Sur les restes de l'explosion nucléaire vient Shin Getter, piloté par l'humain artificiel Go. Avec les restes de l'armée japonaise à ses côtés, Go - avec les copilotes Kei et Gai - doit utiliser Shin Getter pour exterminer les Invaders une fois pour toutes.