My-Otome Zwei a lieu un an après les événements de My-Otome. Arika est maintenant un Otome à part entière (bien que toujours sous la tutelle de Mlle Maria) et Nagi est incarcéré dans une prison quelque part dans le Bélier. Les différentes nations sont en paix les unes avec les autres et prévoient de tenir S.O.L.T. (Conversations stratégiques sur la limitation des otomes) pour discuter de la limitation des nombres d' otomes. Une mission de destruction d'un météore menaçant de collision avec Earl met en mouvement une chaîne d'événements qui se traduisent par une mystérieuse figure ombreuse attaquant Garderobe et plusieurs Otome ainsi qu'une nouvelle version, plus puissante, de l'esclave apparaissant à travers la planète. Pour aggraver les choses, la reine Mashiro disparaît après une dispute avec Arika. La série suit la recherche de Mashiro par Arika ainsi que les tentatives de Garderobe pour découvrir la vérité derrière la figure obscure.