Quelque temps après tous les événements qui ont eu lieu pendant la première année de Negi en tant qu'enseignant, la classe 2-A va en voyage scolaire dans une belle île pour la pause de printemps. Tout va bien maintenant, mais les problèmes continuent pour Negi, parce qu'il est toujours la principale attirance de la classe. Mais il a autre chose à craindre, Asuna est en colère contre lui parce qu'il lui a dit qu'elle n'avait rien à voir avec ses études de magicien. Pendant le voyage, la situation devient intense alors que les amis d'Asuna essaient d'aider Negi à se rattraper.