À l'époque pré-WWII, l'école spéciale pour filles de Nakano Naval Academy est nommée Virgin Fleet. Ces filles sont douées d'une forme spéciale de pouvoir appelée Virgin Energy. Avec la peur d'une autre guerre russo-japonaise imminente, le pilote débutant Shiokaze Umino doit affermir ses pouvoirs pour sauver le Japon de la destruction complète.