En 1999, une équipe de scientifiques de l'ONU tente d'exploiter une nouvelle ressource énergétique sur une île déserte appelée Sansara, ouvrant de manière inconnue un portail vers un autre univers, libérant des entités biomécaniques dormantes. Trois ans plus tard, Takuya Goroza revient sur l'île de Sansara, poussée par une requête mystérieuse du collège Haruka Alford. Peu sait-il, son vieil ami n'est pas ce qu'il semble être...