Un monde virtuel a été créé par le réseau actuel appelé le monde numérique. Le Digital Monster, qui est un objet de vie numérique, est né, et l'ordinateur hôte Yggdrasil a géré les différentes zones du monde numérique. Cependant, il a développé le programme X de la peur pour éliminer tout Digimon dans l'ancien monde et développer un nouveau monde numérique... Aujourd'hui, la plus grande crise qui soit touche le monde numérique. Le X-Digimon, un nouveau type de Digital Monster, est chassé par les Chevaliers Royals qui protègent les mondes numériques. Leur maître, le surveillant réseau Yggdrasil, cherche à mettre en mouvement le Projet Ark pour renouveler les mondes numériques et créer de nouveaux Digimon, mais au prix de toute autre vie numérique. Ce nouveau X-Digimon cherchera les réponses à sa propre existence en essayant de protéger la vie de tous les Digimon, et dans le processus il changera les mondes numériques pour toujours.