Dans un avenir lointain il y a une organisation appelée Deava qui a dû combattre les soi-disant Anges Ombres, des créatures qui avaient survécu pendant plus de 12 000 ans dont le seul but était de détruire l'humanité. Apollo, un humain apparemment normal, était en fait la réincarnation d'un ange tombé appelé Apollonius, qui à son tour a dû lutter contre Touma, un Ange Ombre, avec ses camarades pour empêcher la destruction de la Terre.