C'est l'année 2005. Vingt et un ans après que les héroïques Autobots et les méchants Decepticons aient repris leur guerre sans fin sur la planète Terre, les Decepticons ont conquis la planète des robots Cybertron. Après une attaque surprise des Decepticons, les deux factions se livrent une bataille horrible à Autobot City. Au milieu de la bataille, le chef d'Autobot Optimus Prime meurt lors de son combat avec le chef de Decepticon Megatron. La matrice Autobot du leadership est ensuite transmise au commandant en second Ultra Magnus. Pendant ce temps, un Megatron mal endommagé est jeté par Starscream dans l'espace profond, où il rencontre le robot mangeur de planète Unicron et est renaître comme Galvatron, le nouveau leader Decepticon. Avec le règne de Galvatron sur la montée et l'arrivée imminente d'Unicron dans l'orbite de Cybertron, les Autobots doivent agir rapidement et protéger la Matrix ou face à l'annihilation totale.