En 1580, un homme nommé Lord Nobunaga Oda envoie des troupes impies à travers le Japon, tuant tous ceux qui se dressent sur leur chemin. Un jeune ninja échappe à la destruction de ses villages avec une épée courte, l'une des trois armes mystiques qui peuvent mettre fin à la domination d'Oda. Pendant sa quête, elle est rejointe par deux autres ninjas qui manient les deux autres armes de la légende, l'épée sacrée et la lance.