Une guerre sainte, de l'ancienne mythologie, où la déesse Athéna et l'Hadès se sont battus l'un contre l'autre tout en défendant la terre à plusieurs reprises pendant 200 ans. L'histoire a lieu dans l'Europe du 18ème siècle, 243 ans avant la Saint Seiya originale Trois petits enfants, Tenma, Seul et Sasha, ont tous partagé une enfance très heureuse. Tenma qui est assez agressif mais intègre a déménagé au Sanctuaire pour devenir un saint. C'est là qu'il est réuni avec Sasha qui est la sœur d'Alone et apprend qu'elle est la réincarnation de la Déesse Athéna. Seul, qui est gentil, doux et aime la peinture a été choisi pour le corps de l'ennemi Roi Hadès. Tenma finit par devenir une sainte de Pegasus et s'engage dans une bataille féroce avec son meilleur ami Alone, le Roi de l'Hadès. Pegasus Tenma, le roi Hadès, et la déesse Athéna et à travers la torsion de leurs 3 destins se confondent qui déploie un prologue à l'origine Saint Seiya.