Dans l'épisode 2, Mononoke Chapter, les Musha Gundams tentent de résoudre le mystère de l'apparition qui hante la ville de Jaburo. Daishogun a aussi un trésor... L'épisode 3 est divisé en trois parties (constitutionnellement considéré comme les épisodes 3 à 5), et est intitulé Gundam Book of Genesis (Sōseiki de Gundam). Il tourne autour d'une race de petits, malléables Gundams et Zakus avec des dessins basés sur la haniwa (c.-à-d. statues d'argile de l'époque japonaise Kofun, environ 300-538 CE). Ces créatures parlent entièrement dans un langage fictif, et l'histoire se concentre sur les tentatives de leur petite société de créer une nouvelle vie.