Le cœur de ces jeunes filles est pur, puis violent ! Mato Kuroi vient d'entrer au lycée, et le premier jour, quelqu'un lui attrape les yeux, sa camarade de classe Yomi Takanashi. Les deux se rencontrent. L'innocent et naïf Mato. Le Yomi mature. Apparemment opposés, mais le temps qu'ils passent ensemble ne fait que renforcer une amitié croissante. Mais comme ils entrent dans leur deuxième année à l'école, ils sont placés dans des classes séparées, et ils commencent à se séparer. Mais quelque part simultanément... Dans un autre monde, une jeune fille, un feu bleu résidant dans ses yeux, Black Rock Shooter fait face à une autre jeune fille; celle-ci tenant un faux jet noir, Maître Mort, et une bataille à la mort commence à se dérouler.