Une version plus courte et plus rationalisée de Nadia, The Nautilus Story, qui élimine l'arc de remplissage et se concentre sur la lutte entre Nemo et Gargoyle. Certaines scènes dans les épisodes les plus pivots sont également coupées. La série de compilation a été réalisée par Hideaki Anno, qui aurait été insatisfait du résultat final de l'émission de télévision. Le Nautilus Story n'est sorti qu'au Japon sur VHS et laserdisc.