L'histoire se déroule dans la préfecture de Nagasaki à Minami Shimabara, l'origine fable de la rébellion de Shimabara qui a envoyé des ondes de choc à travers tout le Japon au début de la période d'Edo. C'est également là qu'un étudiant de troisième année du secondaire nommé Shirou passe ses journées avec ses amis d'école. Un jour d'été, l'ami aîné de Shirou Akane revient à Minami Shimabara de Tokyo. Shirou et Akane se baladent autour de Minami Shimabara avec un autre ami de longue date, Tokiya. Tandis que ces amis font face à la nostalgie et à des sentiments plus complexes, une créature mystérieuse nommée Goron apparaît soudainement devant eux. Cette rencontre avec une petite créature provoque de grands événements à nouveau dans cette ville...