Un jour pendant les vacances d'été, un extraterrestre de taille palmiste nommé Papi apparaît d'une petite fusée que Nobita ramasse. Il est le président de Pirika, une petite planète dans l'espace, et est venu sur Terre pour échapper aux rebelles. Doraemon et ses amis sont perplexes par la petite taille de Papi, mais comme ils jouent ensemble avec l'outil secret Small Light, ils deviennent progressivement amis. Cependant, un vaisseau spatial en forme de baleine arrive sur terre et attaque Doraemon, Nobita et les autres pour capturer Papi. Se sentant responsable de l'implication de tout le monde, Papi tente de résister aux rebelles. Doraemon et ses amis partent pour la planète Pirica pour protéger leur cher ami et sa maison.