Maître de jeu Takanaka Eiji est le joueur le plus chaud sur le circuit virtuel, mais le problème le trouve quand il commence à travailler pour E=X Corp. Comme Shogo avant lui, Eiji est pris dans une guerre mortelle qui conduit à nouveau à l'intelligence artificielle connue sous le nom d'EVE. Mais est-ce le même EVE? Des secrets sont enterrés sous Eden City et dans l'épave de la vieille mégazone.