Avril 2095. Un siècle s'est écoulé depuis que la magie a été établie comme technologie réelle. Les deux frères et sœurs s'inscrivent dans une prestigieuse école pour magiciens appelée l'Université Nationale Magique Affiliée Première école secondaire, mieux connu sous le nom de -Magic High School. Tatsuya, le frère aîné, est un «irrégulier» avec un défaut fatal à ses pouvoirs magiques. La jeune sœur, Miyuki, est une étudiante star avec un talent magique inégalé. Bien qu'ils soient maintenant assez proches pour se tromper en tant que couple, il y a quelques années à peine, les deux avaient une relation dysfonctionnelle, où ils n'étaient rien de plus qu'un maître et un serviteur. Un incident, cependant, modifie leur relation pour toujours. Il y a trois ans à Okinawa, une expérience inoubliable fait tourner leurs âmes et leurs destinées sur leur tête.