L'histoire se concentre sur les capacités spéciales qui se produisent parmi un petit pourcentage de garçons et de filles dans la puberté. Yuu Otosaka utilise son pouvoir sans que d'autres le sachent, et vit une vie scolaire assez normale et moyenne. Devant lui apparaît soudain une fille, Nao Tomori. En raison de sa rencontre avec elle, le sort des utilisateurs spéciaux sera exposé.