C'est 2012 et dix ans se sont écoulés depuis l'aventure dans le monde numérique. Daisuke Motomiya a maintenant vingt ans, et lui et le reste du DigiDestined semblent changer petit à petit en termes d'apparence et de style de vie. Puis un jour, un géant Digitama apparaît soudainement dans le ciel au-dessus de la tour de Tokyo. Daisuke et les autres rencontrent un mystérieux jeune homme nommé Lui Ohwada, qui les informe qu'il est le premier DigiDestiné au monde..