Janvier 2118. L'inspecteur en chef du Département des enquêtes criminelles, Akane Tsunemori, reçoit un rapport d'incident sur un navire étranger-le corps du professeur Milicia Stronskaya a été découvert. Derrière l'incident se trouve un groupe connu sous le nom de Peacebreakers, une organisation paramilitaire étrangère et une nouvelle menace extérieure qui ciblent les documents de recherche du professeur connus sous le nom de “Stronskaya Papers.Réunie avec Shinya Kogami, un ancien fugitif du Département des enquêtes criminelles, Akane est aux prises avec une affaire qui dégénère rapidement au-delà de leurs attentes. Les journaux de Stronskaya pourraient révéler une vérité qui ébranlerait le gouvernement japonais, et même le système Sibyl, jusqu'au cœur. C'est dans cette histoire inédite que le chaînon manquant est révélé.