2118. L'inspecteur en chef du Département des enquêtes criminelles, Akane Tsunemori, reçoit un rapport d'incident sur un navire étranger – le corps du professeur Milicia Stronskaya a été découvert. Derrière l'incident se trouve un groupe connu sous le nom de Peacebreakers, une organisation paramilitaire étrangère et une nouvelle menace extérieure qui visent les documents de recherche du professeur connu sous le nom de "Stronskaya Papers". Réuni avec Shinya Kogami, un ancien fugitif du Département des enquêtes criminelles, Akane s'attaque à une affaire qui s'aggrave rapidement au-delà de leurs attentes. Les Stronskaya Papers pourraient révéler une vérité qui secouerait le gouvernement japonais, et même le système Sibyl, au cœur. C'est dans cette histoire indicible que le lien manquant est révélé.