Cette fois, l'emplacement est situé dans la mer près de l'île Hachijo-jima, à Tokyo. Des ingénieurs du monde entier se sont réunis pour l'exploitation à grande échelle de Pacific Buoy, une installation offshore qui relie les caméras de sécurité appartenant aux forces de police mondiales. Un essai d'une nouvelle technologie basée sur un système de reconnaissance faciale est en cours. Pendant ce temps, Conan et les Detective Boys visitent Hachijo-jima à l'invitation de Sonoko et reçoivent un appel téléphonique de Subaru Okiya (étudiant diplômé à l'école supérieure d'ingénierie de l'Université métropolitaine de Tokyo, qui est un agent du FBI Shuichi Akai et une organisation à robe noire Rye) pour les informer qu'un employé d'Europol a été assassiné en Allemagne par Jin.Conan, qui est inquiet, se faufile dans l'établissement et trouve qu'une ingénieure a été kidnappée par l'Organisation noire...! De plus, une clé USB contenant certaines informations en sa possession se retrouve entre les mains de l'organisation... Une ombre noire s'étend aussi sur Ai Haibara (Ai Haibara, Detectif Boys, Shiho Miyano, le Sherry de l'Organisation Noire)..