La deuxième saison de Spy Kyoushitsu. Quatre membres de l'équipe d'espionnage de Din Republic, Lamplight, embarquent dans une mission pour capturer un espion ennemi. Bien qu'ils luttent pour travailler ensemble en raison de leurs personnalités en conflit, Thea, Monika, Erna et Annett complètent leur objectif. Tout en profitant d'une courte pause, les quatre filles rencontrent une femme nommée Matilda, qui prétend être la mère d'Annett. À mesure qu'ils apprennent à connaître Matilda, l'équipe est entraînée dans une escalade du conflit qui met à l'épreuve leur travail d'équipe et leurs allégeances. Pendant ce temps, les autres membres de Lamplight remarquent que l'équipe dépêchée n'a pas encore fait rapport. Préoccupée par leurs alliés, Klaus et Lily ont entrepris une expédition d'urgence pour localiser leurs coéquipiers disparus. Alors que les deux découvrent des informations troublantes sur la montée des tensions dans la région où se trouvaient leurs derniers amis, ils doivent agir rapidement pour rassembler l'équipe avant que la mission n'atteigne le point de non-retour.