La deuxième saison de NieR:Automata Ver1.1a. L'année 11954. Les soldats YoRha 2B et 9S viennent d'être envoyés sur Terre pour mener à bien et soutenir la 243e opération de descente. Là, ils réussissent à détruire les unités centrales de la forme de vie de la machine, Adam et Eve. Avec l'anéantissement de ces ennemis, l'Armée de l'Humanité prend cette chance de mettre fin à cette guerre durable et décide d'une attaque totale contre les formes de vie de la machine. C'est un record des batailles et des espoirs des Androids et le destin qui les dicte tous... Comme la guerre fait rage, l'unité 2B et d'autres comme elle questionnent leur rôle. Réclamer la planète prendra des sacrifices, mais combien peuvent-ils donner et l'humanité en vaut-elle le coût?