Higan est un Nukenin - un ancien ninja qui a échappé à son clan et se cache de son passé violent en Amérique rurale avec sa famille. Une nuit, il est pris en embuscade par une équipe d'assassins de son ancienne organisation qui exige une punition sanglante contre Joe et sa famille pour avoir trahi leur ancien code. Revenant de sa mort apparente, Joe réapparaîtra comme son ancien moi - Ninja Kamui - pour venger sa famille et ses amis. Kamui est un ninja du 21ème siècle, un anachronisme sombre qui met ses compétences anciennes contre les armes de haute technologie avec une finesse brutale. Il doit affronter les assassins entraînés, les cyborgs de combat et les ninjas rivaux pour faire tomber le clan qui l'a fait.