Okazaki Tomoya sort avec Sakagami Tomoyo dans le 24ème et dernier épisode de Clannad. Quand Tomoyo est élue présidente du conseil des étudiants, son rêve de sauver les cerisiers de l'école de la coupe commence à se concrétiser. Cependant, ses devoirs sans fin et ses mauvaises rumeurs au sujet de leur relation propagée par d'autres étudiants en raison de la réputation de Tomoya comme délinquant créent une rupture entre les deux. Alors que Tomoya regarde Tomoyo augmenter de plus en plus dans la distance, leur relation est étendue à la limite par une société qui menace de les séparer.