Le 10 août 2010, le Saint Empire de Britannia a commencé une campagne de conquête, ses sites sur le Japon. Les opérations ont été achevées en un mois grâce au déploiement par Britannia de nouveaux véhicules mobiles d'armure humanoïde baptisés Knightmare Frames. Les droits et l'identité du Japon ont été dépouillés, la nation autrefois fière appelée Zone 11. Ses citoyens, les Onze, sont obligés d'effacer une vie tandis que l'aristocratie britannique vit confortablement dans leurs colonies. Des poches de résistance apparaissent dans toute la zone 11, en vue de l'indépendance du Japon. Lelouch, un prince impérial exilé de Britannia qui se pose comme étudiant, se trouve au cœur du conflit en cours pour la nation insulaire. Grâce à une rencontre avec une mystérieuse fille nommée C.C., Lelouch gagne son Geass, le pouvoir du roi. Maintenant doté d'une domination absolue sur toute personne, Lelouch peut enfin réaliser son objectif de faire tomber Britannia de l'intérieur!