La longue guerre entre la planète Terre et la machine hommes est enfin terminée, ce qui entraîne une paix qui est plus une victoire pour la machine hommes que la Terre. Guerre Zéro a perdu sa famille dans la guerre contre les hommes-machines, mais malgré cela, il est toujours membre de la flotte terrestre qui travaille maintenant en collaboration avec les hommes-machines. Son vaisseau, composé à la fois d'humains et d'hommes de machine, s'est vu confier une tâche presque impossible : capturer le pirate de l'espace capitaine Harlock. Alors que Zéro lutte pour accomplir cette tâche, la preuve commence à faire apparaître que la paix entre les hommes de machine et la Terre peut ne pas être comme il semble...