Malgré la récente attaque d'Akuma, les membres de l'Ordre des Noirs sont en haute humeur alors qu'ils se mettent à se déplacer vers une nouvelle base. Dès son arrivée, cependant, Allen Walker est soudainement appelé par l'Agence centrale et son bras est scellé avec force par l'Ordre. Il est ensuite conduit à une rencontre surprenante avec son maître, le général Croix Marian, qui révèle des secrets épouvantables autour de l'énigmatique 14e Noé. Un incident de voleur de fantômes, l'arrivée d'un mystérieux groupe d'exorcistes, la mort d'un camarade important, et une bataille totale contre la famille Noah – juste ce que cela signifie pour Allen, Yuu Kanda, et le reste de l'Ordre? Ce n'est que le début d'une série d'événements étranges, apparemment sans lien qui mènent à quelque chose de bien plus grand.