La Persona Century Corporation a acheté presque toutes les parcelles de terre. La dissension n'est pas tolérée à l'intérieur des frontières de la société et ceux qui s'opposent à Persona sont traités rapidement. Parmi ces quelques endroits qui ne sont pas encore sous le contrôle de Persona, on trouve la ville libre de Kabuki-cho, également connue sous le nom de The Dark Side of Tokyo. Dans la ville, sous la direction d'une femme nommée Mai, est un petit groupe de résistance appelé Messie. Dans ce monde, un homme prend le sobriquet de Kabuki-cho : Darkside. Scellé dans une autre dimension il y a dix-huit ans par Persona Century, Darkside revient maintenant pour aider le Messie en utilisant son pouvoir mystique unique de renouveau.